1949年3月，“河北省立农学院”经过短暂的北京办学后迁回保定。原西下关街校址被中共冀中区党校占用，遂由冀中行署安排在南关天主教会淑慎女中旧址(现学校东门对过)作为临时校址。当时占土地不足20亩，房子51间。1950年，划拨河北省农事试验场(现学校东校区所在地)作为建校用地，同时拨给20万斤小米作为经费，开始建设教室、学生宿舍、餐厅等。

1949年11月，由省农业厅长张继光兼任院长。1950年初，李泽民任院长。同年建立新民主主义青年团，董玉琛同学(中共党员)任团支部书记。1952年6月，学院党总支成立，李泽民任书记。随着新中国的成立，学校结束了风雨飘摇的历史，焕发了新生。主要任务是将旧农学院改造成新型农科大学，使之适应社会主义建设需要。

1950年10月，学校由河北省立农学院更名为河北省农学院，同年 12 月，更名为河北农学院。学院1949年11月上报农业厅的基本信息显示:农艺系、森林系、农田水利系3个系共12个班，学生数为200人，农业专修班3个班150人，在校生规模已达到350人。学院对教学大纲进行了修订，每个系开设30多门课程。

1952年，全国高等院校进行第一次院系和专业调整，学院森林系整建制调整到北京，与北京农业大学森林系共同组建北京林学院(现北京林业大学)；畜牧兽医专业调整到内蒙古，参与组建内蒙古农牧学院。1955年，农田水利系调整到武汉，参与组建武汉水利水电学院。在保定市农业工程学校（原农业机械学校）由农机系援建。

到1956年，学校设有农学系、园艺系和植保系，20个教研组，在校生规模近千人。经过全国高校结构调整，大部分省份成立有农业高校，学校奉令从1956年由面向全国招生，改为面向全省招生。在原有3个系的基础上逐步增加了农田水利系、畜牧兽医系、农业机械系和基础课部。

河北农学院积极探索改革办学模式，提出建立“中国式农学院”，提出以教学为主，教学、生产劳动、科学研究三结合的办学目标。经过几年的发展，学校的专业设置、师资力量、招生规模等有了长足的发展。1958年规划的第二个五年计划里，由现在三个专业发展到十个专业。经河北省人民委员会同意，将学院更名为“河北农业大学”。据查证，当时是全国第二所更名为农业大学的高校，第一所为北京农业大学(中国农业大学前身)。