本专业是为适应社会需求，在我校具有传统优势的工业水处理学科基础上，依托给排水科学与工程和环境工程两个专业，于2008年新建而成。
既保留了原南京化工学院循环冷却水处理技术和金属腐蚀与防护的特色，又融入了其它水处理新技术。
培养目标：本专业培养具有化学、化工、材料、电子、计算机、仪器仪表和自动控制等学科宽厚的理论基础和实验能力，了解过程工业的基本原理和背景知识，具备工业给排水和过程工业水系统设计、水处理药剂的研发能力，培养在相关领域从事水质科学研究，水质工程规划、监测与控制、材料保护，水处理新技术、新设备、新材料、新药剂、新工艺的开发，以及在过程工业企业从事水工程的生产运行管理的高级专门人才。
主干课程：无机与分析化学、有机化学、物理化学、化工原理、仪器分析、电化学与腐蚀原理、水处理微生物学基础、水质监测技术、工业冷却水与过程水处理、膜分离技术与应用、工业装备的腐蚀与防护、水处理原理与工艺、水质科学实验技术。
就业方向：毕业生可在高等院校、科研设计院所、工矿企业、政府机构等部门从事教学、科学研究、技术开发、规划设计工作，也可在过程工业（如石油、化工、电力、钢铁、核工业、造纸、纺织、有色金属、食品与发酵等工业）及水处理剂生产企业从事技术开发、生产运行、工程监理、经营管理等工作。