自动化专业是以控制科学与控制工程、电气工程、信息工程、系统工程理论为基础，以电工技术、电子技术、计算机技术为主要手段，以“厚基础、宽培养、重能力”为特色的宽口径综合自动化专业，2005年成为江苏省首批品牌专业。
2007年被评为首批国家级第一类特色专业建设点，2008年经教育部批准建设研究型大学控制类工程师培养创新实验区，2010年经教育部批准列入第一批卓越工程师教育培养计划，2011年入选江苏高校优势学科建设工程一期项目。
自动化专业培养注重素质教育，要求学生具有深厚的自动化和电子与信息理论基础，具有很强的基于计算机软硬件的综合自动化系统分析、设计与应用能力。
主要技术基础课和专业课有：电路分析、信号与系统、电子电路、计算机结构与逻辑设计、微机系统与接口、信息通信网络、自动控制原理、电力拖动与运动控制、自动检测技术、电力电子技术、运筹学、系统辨识、数字信号处理、数字图像处理、模式识别、计算机软件基础、计算机控制技术、过程控制、智能控制等。
自动化专业设有控制理论与控制工程、模式识别与智能系统、检测技术与自动化装置三个学科方向，主要培养从事自动化研究与应用领域高素质综合自动化专业人才。